Nach dem Sieg der Ukraine in Stockholm gab es Proteste, da das Siegerlied von Jamala weder das Jury- noch das Televoting gewonnen hat. Dieses gipfelte sogar in einer Online-Petition, die forderte, das Ergebnis zu überprüfen bzw. zu korrigieren. 

Die EBU gab hierzu folgende Stellungnahme ab:

"Der ESC 2016 war eine spektakuläre Show... die Live-Shows waren Weltklasse-Fernsehproduktionen mit einem spannenden Höhepunkt in der Samstagnacht. Wir verstehen die Leidenschaft und die Gefühle, die der ESC hervorruft. In dieser Hinsicht haben wir Notiz genommen von Ihrer Petition und nutzen dieses Gelegenheit, darauf zu antworten. Der Sieger des ESC 2016 wurde bestimmt durch Musikprofis und Sie, die TV-Zuschauer zu Hause, jeweils zu 50 % des Gesamtergebnisses. Jamala aus der Ukraine gewann dank der großen Unterstützung sowohl der Jurys als auch der Televoter. Sie gewann mit einer herausragenden Performance und einem emotionalen Lied, das eine persönliche Geschichte erzählt. Dami Im aus Australien gewann das Juryvoting und Russlands Sergey Lazarev gewann das Televoting. Beide verdienen Anerkennung für ihre Weltklasse-Auftritte, ihre großartigen Songs und dafür, dass sie ihr Ergebnis als wahre Profis anerkannt haben. Sie mögen den Contest zwar nicht gewonnen haben, haben aber auf das Ergebnis wie Gewinner reagiert. Wir respektieren das und loben sie dafür.

Der ESC ist ein Wettbewerb. Es kann nur einen Sieger geben. Wir verstehen, dass nicht jeder mit dem Ergebnis dieses Jahres zufrieden ist, aber bei einem Wettbewerb, bei dem nach subjektiven und oft sehr persönlichen Meinungen entschieden wird, wird es immer Leute geben, die nicht einverstanden sind. Unabhängig davon bleibt das Resultat auf jeden Fall gültig, entsprechend den Regeln, die jedem teilnehmenden TV-Sender, Künstler und Fan vorher bekannt waren. Die Ukraine ist und bleibt der Sieger des ESC 2016. Ob sie damit nun einverstanden sind oder nicht, fordern wir alle Unterzeichner der Petition hiermit auf, das Ergebnis, gültig in Übereinstimmung mit dem Reglement, anzuerkennen und in einen konstruktiven Dialog einzutreten, um den Contest in Zukunft weiter zu stärken und zu verbessern."    

Außerdem gab es eine Voraufführung des Siegertitels bereis im Mai 2015. 

Es gab die Entdeckung, dass Jamala Teile ihres Siegerliedes anlässlich eines Konzert in Kiew im Mai 2015 öffentlich aufgeführt hat. Dazu gibt es einen Videobeweis auf Youtube. Laut Reglement dürfen de ESC-Beiträge nicht vor dem 01.09.2015 kommerziell veröffentlicht worden sein.  Allerdings lässt das Reglement hier einen Spielraum zu, so dass es eine Ermessensentscheidung ist, inwieweit durch eine Vorveröffentlichung eines Beitrags Wettbewerbsvorteile entstanden sein können oder nicht.

Auch hierzu gab die EBU eine Stellungnahme ab:

"...im Fall von Jamalas "1944" wurde die Aufmerksamkeit der EBU geweckt, weil es eine öffentliche Aufführung einer früheren Version des Liedes im Mai 2015 gab. Das Video eines kleinen Konzerts wurde allerdings nur von ein paar hundert Leuten gesehen, bevor es vor einigen Tagen entdeckt wurde. Die EBU hat daher auf der Grundlage früherer Entscheidungen in ähnlich gelagerten Fällen entschieden, dass Jamala durch dieses Video kein unfairer Wettbewerbsvorteil entstanden ist (was die Regeln fordern), und daher war der Song teilnahmeberechtigt."